Cikal bakal dari Fakultas Farmasi UNMAS Denpasar adalah berawal dari Akademi Farmasi Saraswati Denpasar pada tahun 2008. Akademi Farmasi Saraswati Denpasar merupakan peningkatan status kependidikan dari konversi SMF Saraswati Denpasar dalam rangka meningkatkan mutu tenaga kefarmasian sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi. Izin konversi SMF Saraswati Denpasar berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.03.05/1/4/5651/2008 yang berlaku selama 2 (dua) tahun. Pada perpanjangan izin penyelenggaraan pendidikan Akademi Farmasi Saraswati Denpasar berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.03.01/I/II/4/10393/2010 ditetapkan bahwa penyelenggaraan pendidikan Akademi Farmasi Saraswati Denpasar yang dibawah binaan Kementeriaan Kesehatan dalam hal ini Badan Pengembangan dan Pemberdayaan Sumberdaya Manusia Kesehatan untuk alih bina ke Kementerian Pendidikan Nasional. Alih bina Akademi Farmasi Saraswati Denpasar dari Kementeriaan Kesehatan ke Kementeriaan Pendidikan Nasional ditetapkan pada tanggal 28 April 2011 sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 91/E/O/2011 dengan satu Prohgram Studi yaitu Program Diploma Tiga Farmasi. Program Studi Diploma Tiga Farmasi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar telah terakreditasi B (sangat baik) berdasarkan SK Lam PT-Kes No: 0527/LAM-PTKes/Akr/Dip/VIII/2017. Kemudian pada tahun 2019, dalam rangka mendukung program pemerintah dalam upaya penguatan Perguruan Tinggi yang berada dalam satu naungan yayasan yaitu dalam hal ini sebagai badan penyelenggara adalah Yayasan Perguruan Rakyat Saraswati Pusat Denpasar, maka dilakukan penyatuan tiga Perguruan Tinggi yaitu Akademi Farmasi Saraswati Denpasar, Sekolah Tinggi Bahasa Asing Saraswati di Denpasar dan Universitas Mahasaraswati Denpasar melalui Keputusan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 150/KPT/I/2019 tentang Izin Penyatuan Sekolah Tinggi Bahasa Asing Saraswati di Kota Denpasar dan Akademi Farmasi Saraswati Denpasar di Kota Denpasar ke Universitas Mahasaraswati Denpasar di Kota Denpasar yang Diselenggarakan oleh Yayasan Perguruan Rakyat Saraswati Pusat Denpasar disertai dengan izin penambahan Program Studi baru yaitu Program Studi Sarjana Farmasi. Sejak saat itu, Akademi Farmasi Saraswati Denpasar berubah bentuk menjadi Fakultas Farmasi UNMAS Denpasar dengan dua Program STudi yaitu Diploma Tiga Farmasi dan Sarjana Farmasi