Program Studi Diploma Tiga Farmasi Fakultas Farmasi Universitas Mahasaraswati Denpasar berawal dari konversi Sekolah Menengah Farmasi Saraswati Denpasar menjadi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar pada tanggal 30 Desember 2008 berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.03.05/1/4/5651/2008 tentang Izin Konversi Sekolah Menengah Farmasi Saraswati Denpasar menjadi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar Provinsi Bali.

Pada tahun 2010 Akademi Farmasi Saraswati Denpasar mendapatkan perpanjangan izin penyelenggaraan berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.03.01/I/II/4/10393/2010 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Pendidikan Akademi Farmasi Saraswati Denpasar yang diselenggarakan oleh Yayasan Perguruan Rakyat Saraswati Pusat Denpasar Provinsi Bali. Pada tahun 2011 Akademi Farmasi Saraswati Denpasar mengalami alih bina dari Kementerian Kesehatan ke Kementerian Pendidikan Nasional berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 91/E/O/2011.

Berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi tanggal 09 Mei 2015, Nomor: 340/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/V/2-15 tentang Nilai dan Peringkat Akreditasi Program Studi pada Program Diploma III, Program Studi D-III Farmasi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar dinyatakan terakreditasi dengan peringkat C dengan nilai 256.

Berdasarkan Surat Keputusan Pengurus Perkumpulan Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (Perkumpulan LAM-PTKes) tanggal 26 Agustus 2017, Nomor: 0527 /LAM-PTKes/Akr/Dip/VIIl/2017 tentang Status, Nilai, dan Peringkat Akreditasi Program Studi Diploma Tiga Farmasi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar, Program Studi Diploma Tiga Farmasi Akademi Farmasi Saraswati Denpasar ditetapkan terakreditasi dengan nilai 325 (tiga ratus dua puluh lima) dengan peringkat B (Baik).

Berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia tanggal 4 Maret 2019, Nomor: 150/KPT/I/2019 tentang Izin Penyatuan Sekolah Tinggi Bahasa Asing Saraswati di Kota Denpasar dan Akademi Farmasi Saraswati Denpasar di Kota Denpasar ke Universitas Mahasaraswati Denpasar di Kota Denpasar yang Diselenggarakan oleh Yayasan Perguruan Rakyat Saraswati Pusat Denpasar, ditetapkan Program Studi Diploma Tiga Farmasi resmi menjadi salah satu program studi di Universitas Mahasaraswati Denpasar.

Berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Perguruan Rakyat Saraswati Pusat Denpasar tanggal 6 Maret 2019, Nomor: 32A/PP/A.10/B/III/2019 tentang Penetapan Fakultas dan Program Studi di Universitas Mahasaraswati Denpasar, ditetapkan Program Studi Farmasi Program Diploma Tiga merupakan salah satu program studi dari Fakultas Farmasi Universitas Mahasaraswati Denpasar.